Protokoły (Kwiecień 2020)

Zastosowanie podwyższonego labiryntu jako testu zachowania związanego z lękiem u gryzoni

Zastosowanie podwyższonego labiryntu jako testu zachowania związanego z lękiem u gryzoni

Abstrakcyjny Podwyższony labirynt plus jest szeroko stosowanym testem behawioralnym dla gryzoni i został zatwierdzony do oceny działania przeciwlękowego środków farmakologicznych i hormonów steroidowych oraz do określenia obszarów mózgu i mechanizmów leżących u podstaw zachowań związanych z lękiem. W skrócie, szc

Generowanie określonej i jednolitej populacji progenitorów OUN i neuronów z embrionalnych komórek macierzystych myszy

Generowanie określonej i jednolitej populacji progenitorów OUN i neuronów z embrionalnych komórek macierzystych myszy

Abstrakcyjny Opisano szczegółowy protokół umożliwiający generowanie zasadniczo czystych populacji neuronów glutaminergicznych z mysich embrionalnych komórek macierzystych (ES). Opiera się na hodowli komórek ES, które są utrzymywane niezróżnicowane przez wielokrotne dzielenie, a następnie amplifikowane jako nieprzylegające agregaty komórkowe. Leczenie kwasem

Sprostowanie: znormalizowany protokół powtarzającego się stresu związanego z porażką społeczną u myszy

Sprostowanie: znormalizowany protokół powtarzającego się stresu związanego z porażką społeczną u myszy

Oryginalny artykuł został opublikowany 21 lipca 2011 r Nat. Protokół 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10.1038 / nprot.2011.361; opublikowane online 21 lipca 2011 r .; poprawione po wydruku 17 grudnia 2014 r W pierwotnie opublikowanej wersji tego artykułu istniało pewne zamieszanie co do interpretacji zdania „Ponadto, porażki powinny być prowadzone pod stałą oceną weterynaryjną i przy pełnej akceptacji wszystkich niezbędnych instytucjonalnych komisji rewizyjnych i standardów.” Dla większej prz

Test cytomu mikrojądrowego z blokiem cytokinezy

Test cytomu mikrojądrowego z blokiem cytokinezy

Ten artykuł został zaktualizowany Abstrakcyjny Test cytomu mikrojądrowego z blokiem cytokinezy jest kompleksowym systemem do pomiaru uszkodzenia DNA, cytostazy i cytotoksyczności. Zdarzenia uszkodzenia DNA są punktowane w szczególności w podzielonych raz dwujądrzastych komórkach (BN) i obejmują (a) mikrojądra (MNi), biomarker pęknięcia chromosomu i / lub utratę całego chromosomu, (b) mostki nukleoplazmatyczne (NPB), biomarker DNA źle naprawiona i / lub telomerowa fuzja końcowa oraz (c) pąki jądrowe (NBUD), biomarker eliminacji zamplifikowanego DNA i / lub kompleksów naprawczych DNA. Działanie c

Specyficzne dla miejsca włączenie fluorotyrozyn do podjednostki R2 reduktazy rybonukleotydowej E. coli poprzez ekspresję ligacji białka

Specyficzne dla miejsca włączenie fluorotyrozyn do podjednostki R2 reduktazy rybonukleotydowej E. coli poprzez ekspresję ligacji białka

Abstrakcyjny Ekspresja ligacji białek (EPL) umożliwia półsyntezę białka docelowego z wbudowaniem miejscowo sond lub nienaturalnych aminokwasów na jego końcach N lub C. W tym miejscu opisujemy protokół opracowany przez nasze laboratorium do włączania fluorotyrozyn (Fn Ys) do reszty 356 małej podjednostki reduktazy rybonukleotydowej Escherichia coli przy użyciu EPL. W tej proced

Sprostowanie: Analiza liczby kopii pojedynczych komórek w całym genomie

Sprostowanie: Analiza liczby kopii pojedynczych komórek w całym genomie

Oryginalny artykuł został opublikowany 3 maja 2012 r Nat. Protokół 7 , 1024–1041 (2012); opublikowano online 3 maja 2012 r .; poprawione po wydruku 24 lutego 2016 r W pierwotnie opublikowanej wersji tego artykułu jednostki stężenia NaCl w buforze NST opisane w rozdziale Konfiguracja odczynnika były niepoprawne. Prawidło

Wysokowydajny test mikrojądrowy in vivo do badań przesiewowych niestabilności genomu u myszy

Wysokowydajny test mikrojądrowy in vivo do badań przesiewowych niestabilności genomu u myszy

Tematy Uszkodzenie i naprawa DNA Cytometrii przepływowej Niestabilność genomu Mysz Abstrakcyjny Opisujemy czułą, solidną, wysokoprzepustową metodę do ilościowego określania tworzenia mikrojąder, markerów niestabilności genomu, w mysich erytrocytach. Mikrojądra to całe chromosomy lub segmenty chromosomu, które zostały oddzielone od jądra. Inne metody wykr

Skrining aktywności substratu (SAS): ogólna procedura przygotowania i przeszukiwania opartej na fragmentach niepeptydowej biblioteki substratów proteazy w celu wykrycia inhibitora

Skrining aktywności substratu (SAS): ogólna procedura przygotowania i przeszukiwania opartej na fragmentach niepeptydowej biblioteki substratów proteazy w celu wykrycia inhibitora

Abstrakcyjny Badanie przesiewowe aktywności substratów (SAS) to oparta na fragmentach metoda szybkiego rozwoju nowych substratów i ich przekształcania w niepeptydowe inhibitory proteaz Cys i Ser. Metoda składa się z trzech etapów: (i) przeszukuje się bibliotekę aminokwasów N- acylowych z różnorodnymi grupami N -acylowymi o niskiej masie cząsteczkowej w celu identyfikacji substratów proteazowych za pomocą prostego testu opartego na fluorescencji; (ii) zidentyfikowane substraty N -acyloaminokumaryny są optymalizowane przez szybką syntezę i ocenę analogową; i (iii) zoptymalizowane substraty są prz

Hodowla pierwotna bydlęcych komórek chromafinowych

Hodowla pierwotna bydlęcych komórek chromafinowych

Abstrakcyjny Protokół ten opisuje pierwotną hodowlę pojedynczych komórek chromafinowych pochodzących z trawienia enzymatycznego z rdzenia nadnerczy bydlęcego nadnercza. Od późnych lat siedemdziesiątych takie komórki stanowią przydatny model systemu do badania biosyntezy, przechowywania i uwalniania neuroprzekaźników w układzie katecholaminergicznym. Protokół możn

Testy oparte na bioczujnikach dla PQS, HHQ i pokrewnych cząsteczek sygnałowych kworum 2-alkilo-4-chinolonu

Testy oparte na bioczujnikach dla PQS, HHQ i pokrewnych cząsteczek sygnałowych kworum 2-alkilo-4-chinolonu

Abstrakcyjny 2-Alkilo-4-chinolony (AHQ), takie jak 2-heptylo-3-hydroksy-4-chinolon (PQS) i 2-heptylo-4-chinolon (HHQ) są cząsteczkami sygnałowymi wykrywającymi kworum. Tutaj opisujemy metody wykrywania AHQ, wstępnej identyfikacji i kwantyfikacji, które wykorzystują oparty na luksie szczep bioczujnika AHQ Pseudomonas aeruginosa . Proto

Analiza ilościowa testów wychwytywania konformacji chromosomu (3C-qPCR)

Analiza ilościowa testów wychwytywania konformacji chromosomu (3C-qPCR)

Abstrakcyjny Technologia przechwytywania konformacji chromosomowej (3C) jest pionierską metodologią, która pozwala na badanie organizacji genomowej in vivo w skali obejmującej od kilkudziesięciu do kilkuset par zasad. Zrozumienie składania się genomu w tej skali jest szczególnie ważne u ssaków, w których rozproszone elementy regulatorowe, takie jak wzmacniacze lub izolatory, są zaangażowane w regulację genów. Technologia 3

Generowanie bezkomórkowych ekstraktów jaj Xenopus i demembranowanej chromatyny nasienia do składania i izolacji jąder utworzonych in vitro do analizy Western blot i skaningowej mikroskopii elektronowej (SEM)

Generowanie bezkomórkowych ekstraktów jaj Xenopus i demembranowanej chromatyny nasienia do składania i izolacji jąder utworzonych in vitro do analizy Western blot i skaningowej mikroskopii elektronowej (SEM)

Abstrakcyjny Ten protokół wyszczególnia metody generowania ekstraktów bezkomórkowych i matryc DNA odpowiednio z jaj i chromatyny nasienia odpowiednio szponiastej ropuchy Xenopus laevis . Zastosowaliśmy ten system ze skaningową mikroskopią elektronową (SEM), jak wyszczególniono tutaj, do analizy wymagań biochemicznych i ścieżek strukturalnych do biogenezy eukariotycznych otoczek jądrowych (NE) i kompleksów porów jądrowych (NPC). Ten protokół wy

Uzyskiwanie genomów z nieuprawianych mikroorganizmów środowiskowych za pomocą genomiki jednokomórkowej opartej na FACS

Uzyskiwanie genomów z nieuprawianych mikroorganizmów środowiskowych za pomocą genomiki jednokomórkowej opartej na FACS

Tematy Mikrobiologia środowiska Cytometrii przepływowej Genomika Amplifikacja całego genomu Abstrakcyjny Genomika jednokomórkowa jest potężnym narzędziem do badania struktury genetycznej mikroorganizmów środowiskowych, których ogromna większość jest trudna, jeśli nie niemożliwa, do kultywowania przy użyciu obecnych podejść. Prezentujemy tut

Zapalenie stawów wywołane kolagenem

Zapalenie stawów wywołane kolagenem

Abstrakcyjny Model myszy indukowany kolagenem (CIA) jest najczęściej badanym autoimmunologicznym modelem reumatoidalnego zapalenia stawów. Autoimmunologiczne zapalenie stawów jest indukowane w tym modelu przez immunizację emulsją pełnego adiuwantu Freunda i kolagenu typu II (CII). Protokół ten opisuje kroki niezbędne do pozyskania, postępowania i przygotowania CII, a także selekcji szczepów myszy, właściwej techniki immunizacji oraz oceny zapadalności i ciężkości zapalenia stawów. Zazwyczaj pierwsze

Generowanie organoidów mózgowych z ludzkich pluripotencjalnych komórek macierzystych

Generowanie organoidów mózgowych z ludzkich pluripotencjalnych komórek macierzystych

Tematy Rozwój układu nerwowego Neurogeneza Modele neurologiczne Różnicowanie komórek macierzystych Abstrakcyjny Rozwój ludzkiego mózgu wykazuje kilka unikalnych aspektów, takich jak zwiększona złożoność i ekspansja produkcji neuronów, które okazały się trudne do zbadania w organizmach modelowych. W rezultacie po

Erratum: Analiza cząstek na uwięzi superskręconego okrągłego DNA za pomocą uchwytów peptydowych kwasów nukleinowych

Erratum: Analiza cząstek na uwięzi superskręconego okrągłego DNA za pomocą uchwytów peptydowych kwasów nukleinowych

Oryginalny artykuł został opublikowany 21 sierpnia 2014 r Nat. Protokół 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10.1038 / nprot.2014.152; opublikowane online 21 sierpnia 2014 r .; poprawione po wydruku 12 września 2014 r W pierwotnie opublikowanej wersji tego artykułu źródło, z którego zaadaptowano ryciny 2, 4, 8 i 9, nie zostało poprawnie zacytowane i zapisane. Błąd został

Kompleksowa analiza jednojądrzastych fagocytów siatkówki myszy

Kompleksowa analiza jednojądrzastych fagocytów siatkówki myszy

Tematy Neuroimmunologia Siatkówka oka Abstrakcyjny Wrodzony układ odpornościowy jest aktywowany w wielu zwyrodnieniowych i zapalnych zaburzeniach siatkówki, takich jak zwyrodnienie plamki żółtej związane z wiekiem (AMD). Mikrogleje siatkówki, makrofagi naczyniówki i rekrutowane monocyty, zwane łącznie „monocytarnymi fagocytami siatkówki”, są krytycznymi czynnikami determinującymi przebieg choroby oka. Wiele publikacji

Opracowanie, walidacja i wdrożenie powinowactwa unieruchomionego metalu do wysokoprzepustowych testów przesiewowych opartych na fosfochemikaliach (IMAP) dla bibliotek związków o niskiej masie cząsteczkowej

Opracowanie, walidacja i wdrożenie powinowactwa unieruchomionego metalu do wysokoprzepustowych testów przesiewowych opartych na fosfochemikaliach (IMAP) dla bibliotek związków o niskiej masie cząsteczkowej

Abstrakcyjny W tym protokole opisano opracowanie, walidację i wdrożenie zautomatyzowanego powinowactwa unieruchomionego metalu do polaryzacji fluorescencji opartej na fosfochemikaliach (IMAP) oraz wysokosprawnych badań przesiewowych (HTS) z rozdzielczością czasową transferu energii rezonansu fluorescencji (TR-FRET) niskocząsteczkowe inhibitory kinazy. Obie

Sprostowanie: Nanokatalizatory na bazie kobaltu do procesów zielonego utleniania i uwodornienia

Sprostowanie: Nanokatalizatory na bazie kobaltu do procesów zielonego utleniania i uwodornienia

Oryginalny artykuł został opublikowany 21 maja 2015 r Nat. Protokół 10 , 916–926 (2015); opublikowane online 21 maja 2015 r .; poprawione po wydruku 16 września 2015 r W pierwotnie opublikowanej wersji tego artykułu ramka 1 miała niepoprawny tytuł; prawidłowy tytuł to „Eksperymenty z recyklingiem katalizatora z nitrobenzenem: 30 godzin”. Błąd został po